Po 1863–1864 m. sukilimo Rusijos imperijos valdžia baudė bajorus už nepriklausomybės siekį. Tradicinis bajorų dvaras virto kolonizacijos ir rusifikacijos įrankiu. Valdžia konfiskavo dvarus, vertė juos parduoti asmenis, kuriuos įtarė prisidėjusius prie sukilimo. Dalis dvarų buvo parduota už skolas.

Diskriminacinis 1865 m. gruodžio 10 d. įstatymas draudė įsigyti žemę „lenkų kilmės“ asmenims. XX a. pradžioje lenkams grąžinta galimybė pirkti žemę iš lenkų nepanaikino „lenkų“ ir „rusų“ žemėvaldos priešpriešos, o norintiesiems pirkti žemę valdžios išduodami „tautybės liudijimai“ demoralizavo vietinę visuomenę, priverstą klastoti tautinę tapatybę.

Vakarų gubernijose dėl nepasitikėjimo vietiniais bajorais savaip vyko baudžiavos panaikinimas. Kovoje dėl žemės dvaras ir kaimas naudojo skirtingas priemones: dvarininkai apėjo įstatymus, o valstiečiai naudojo fizinę jėgą ir kolektyvinį solidarumą. Socialinis konfliktas labiau pastebimos stambiuose dvaruose. Dvarui teko dalytis žeme ir su prie stambių dvarų pririštais žemės nuomininkais – laisvaisiais žmonėmis, sentikiais ir „amžinaisiais činšininkais“.

XIX a. antroje pusėje – XX a. pradžioje šalia kilminio bajoro atsirado naujieji dvarų savininkai. Pirmiausia tai buvo stačiatikiai rusai. Stambius dvarus įsigijo sukilimo malšintojai, valdininkai, karininkai ar stambūs pirkliai, vidutiniai ir smulkūs dvarai dažnai atiteko stačiatikių dvasininkams, miestiečiams ir valstiečiams.